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基于CRISPR/Cas的分子檢測

也許一提到CRISPR/Cas技術(shù),人們的第一反應(yīng)是,CRISPR/Cas技術(shù)是一個高效的基因編輯系統(tǒng)。其實,CRISPR/Cas系統(tǒng)是一個多面手,不僅具有高效基因操作功能,還具有分子檢測能力。CRISPR/Cas是(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR associate)成簇規(guī)律間隔短回文重復(fù)序列及相關(guān)蛋白質(zhì)縮寫,它是微生物的天然“免疫系統(tǒng)”。

本文帶您了解一下CRISPR/Cas高效的分子檢測能力,CRISPR/Cas系統(tǒng)不但可以檢測核酸分子(DNA/RNA),還可以檢測非核酸分子(小分子化合物、重金屬、蛋白質(zhì)、腫瘤循環(huán)細(xì)胞、外泌體等)。參與分子檢測常見的CRISPR/Cas系統(tǒng)有CRISPR/Cas9、CRISPR/Cas12、CRISPR/Cas13和CRISPR/Cas14。
01  核酸分子檢測

CRISPR/Cas系統(tǒng)在引導(dǎo)RNA(guide RNA,gRNA)的引導(dǎo)下識別目標(biāo)核酸(DNA/RNA)序列后,激活Cas蛋白對靶向和非靶向核酸(DNA/RNA)分子切割。CRISPR/Cas系統(tǒng)在靶向識別和切割過程中轉(zhuǎn)化靶標(biāo)核酸分子信號為檢測儀器或肉眼可觀察的信號。

依據(jù)檢測核酸分子類型,CRISPR/Cas技術(shù)核酸檢測可分為DNA(CRISPR/Cas9、CRISPR/Cas12和CRISPR/Cas12識別DNA序列)和RNA(CRISPR/Cas13識別RNA序列)檢測。不同的CRISPR/Cas系統(tǒng)識別的核酸類型不同,然而檢測過程中為了實現(xiàn)同一個CRISPR/Cas系統(tǒng)對DNA和RNA均能夠檢測,必須借助于轉(zhuǎn)錄技術(shù)(transcription,T)和逆轉(zhuǎn)錄(reverse transcription,RT)實現(xiàn)DNA與RNA的相互轉(zhuǎn)化。

根據(jù)檢測核酸分子時是否需要體外核酸擴(kuò)增,CRISPR/Cas技術(shù)核酸檢測可分為輔助體外核酸擴(kuò)增檢測和無體外核酸擴(kuò)增檢測兩類。輔助體外核酸擴(kuò)增檢測需先利用PCR、重組酶聚合酶等溫擴(kuò)增(RPA)、環(huán)介導(dǎo)等溫擴(kuò)增(LAMP)等技術(shù),對靶向核酸序列進(jìn)行體外擴(kuò)增,隨后再通過CRISPR/Cas系統(tǒng)檢測靶標(biāo)分子。與之不同,基于CRISPR/Cas的無體外核酸擴(kuò)增檢測技術(shù),能夠直接對靶標(biāo)核酸進(jìn)行檢測,具有操作步驟簡便、檢測耗時短、污染風(fēng)險低等優(yōu)點。

CRISPR/Cas核酸檢測系統(tǒng)能夠?qū)邢駾NA分子信號高效轉(zhuǎn)化為熒光、化學(xué)、電化學(xué)等肉眼可見或可檢測的信號,以此實現(xiàn)對靶標(biāo)核酸信號分子的精準(zhǔn)檢測。在實際應(yīng)用領(lǐng)域,該技術(shù)已廣泛用于多種病原體和基因特征檢測,包括寨卡、乙腦病毒、非洲豬瘟病毒、嚴(yán)重急性呼吸系統(tǒng)綜合征冠狀病毒2(SARS-CoV-2)、耐甲氧西林金黃色葡萄球菌的核酸檢測,以及DNA甲基化分析、HPV16和18基因分型等。值得一提的是,基于CRISPR/Cas13開發(fā)的SARS-CoV-2核酸檢測系統(tǒng),無需進(jìn)行體外核酸擴(kuò)增,檢測下限約為31拷貝/μl,僅需20分鐘即可完成檢測。此外,同樣基于CRISPR/Cas13構(gòu)建的多通道熒光信號核酸分子檢測系統(tǒng),一次能檢測169種人類相關(guān)病毒核酸,具備高通量、檢測迅速、成本低廉等顯著優(yōu)勢 。

02  非核酸分子檢測

隨著對CRISPR/Cas分子檢測技術(shù)研究的逐步深入,檢測的靶標(biāo)分子類型也逐漸豐富,可實現(xiàn)循環(huán)腫瘤細(xì)胞、小分子化合物、蛋白質(zhì)分子、金屬離子、酶活性、抗生素、病原微生物等靶標(biāo)檢測。檢測樣本類型從單一逐步走向復(fù)雜多樣,涵蓋人的血液、體液、牛奶、食品、環(huán)境樣本等。目前應(yīng)用于非核酸分子檢測的CRISPR/Cas系統(tǒng)主要有Cas12a和Cas13a。CRISPR/Cas12a可以有效地檢測外泌體,此過程通過適配體技術(shù)與CRISPR/Cas12a技術(shù)聯(lián)合,轉(zhuǎn)化外泌體信號為儀器可檢測信號。伴隨著檢測系統(tǒng)的優(yōu)化,檢測時間從120 ~20 min逐漸縮短,可實現(xiàn)POCT。CRISPR/Cas檢測的靶標(biāo)分子從病原微生物到小分化合物,凸顯了CRISPR/Cas可檢測非核酸靶標(biāo)分子的廣泛性、樣本類型的普遍性以及檢測操作的便捷性,非常適合海關(guān)、車站、學(xué)校等場所的POCT。

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TABAS03KIT

TwistAmp Basic Kit DNA擴(kuò)增試劑盒

96T

TAEXO02KIT

TwistAmp exo 試劑盒

96T

B8201C1

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48T

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DNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(DNA熒光型)

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LbCas12a (Cpf1)

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LbCas12a (Cpf1)

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LwaCas13a (C2c2)

32117-03

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LwaCas13a (C2c2)

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AapCas12b (C2c1)

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AapCas12b (C2c1)

32119-01

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Un1Cas12f1 (Cas14a1)

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Un1Cas12f1 (Cas14a1)

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AsCas12a (Cpf1)

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AacCas12b (C2c1)

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AacCas12b (C2c1)

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FnCas12a (Cpf1)

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Lb5Cas12a (Cpf1)

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SpCas9

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SpCas9

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Sp-dCas9

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Sp-nCas9(H840A)

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