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基于RPA-CRISPR在食源性致病菌檢測應(yīng)用

食源性致病菌

      食品安全問題是關(guān)乎人民生命健康和社會和諧的重大戰(zhàn)略問題,而食品致病菌是全球范圍內(nèi)導(dǎo)致食品安全問題的主要因素。其中, 以金黃色葡萄球菌、銅綠假單胞菌、單核增生李斯特菌、腸炎沙門氏菌、鮑曼不動桿菌等為代表的食源性致病菌嚴(yán)重威脅著消費(fèi)者的健康, 由其引起的食源性疾病如腹痛、腹瀉以及嘔吐等癥狀近年來呈上升趨勢[1],世界衛(wèi)生組織調(diào)查發(fā)現(xiàn),在全球范圍內(nèi)每年約有6億例食源性疾病發(fā)生,其中有42萬人因此死亡。因此,盡早的發(fā)現(xiàn)食源性致病菌是防止食源性疾病暴發(fā)的有效手段。

 

      基于細(xì)胞培養(yǎng)的方法盡管一直以來被認(rèn)為是食源性致病菌檢測的金標(biāo)準(zhǔn),但該方法需要經(jīng)過增菌、選擇性培養(yǎng)、純化、生化反應(yīng)鑒定等步驟[2],存在過程繁瑣,且檢測耗時長等問題,難以滿足目前的快速檢測需求。而基于抗原抗體特異性結(jié)合反應(yīng)原理的檢測方法雖然操作相對簡單,但靈敏性不足、容易造成漏檢。因此,開發(fā)新型快速高效的食源性致病菌檢測技術(shù)是亟待解決的重要問題。

 

 

 常規(guī)免疫檢測及核酸檢測原理

  CRISPR/Cas系統(tǒng)快速檢測原理

      CRISPR/Cas系統(tǒng)由成簇、規(guī)則間隔的短回文重復(fù)序列(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats,CRISPR)和關(guān)聯(lián)蛋白(CRISPR-associated protein,Cas)組成。CRISPR/Cas系統(tǒng)來源于細(xì)菌和古細(xì)菌的適應(yīng)性免疫系統(tǒng)[4]。近些年發(fā)現(xiàn)的Cas12和Cas13蛋白在CRISPR RNA (crRNA)或向?qū)?RNA (single-guide RNA,sgRNA)引導(dǎo)下,除了具有識別并剪切特異靶標(biāo)的順式剪切活性外,還具有可被靶標(biāo)激活的反式剪切活性。即這些 Cas蛋白與crRNA在特異性識別靶標(biāo)后,可被激活針對ssDNA或ssRNA的反式剪切活性?;诖嗽?,可將反式剪切底物設(shè)計成合適的報告探針(如熒光-淬滅基團(tuán)修飾),即可用于靶標(biāo)核酸檢測。

 

CRISPR/Cas技術(shù)檢測食源性致病菌

      致病菌的CRISPR/Cas核酸傳感器檢測可分為兩大類:①通過增菌后提取基因組,結(jié)合核酸擴(kuò)增和Cas蛋白的剪切體系建立的核酸傳感器。②結(jié)合適配體實(shí)現(xiàn)致病菌向核酸的轉(zhuǎn)化,隨后直接或間接與CRISPR/Cas系統(tǒng)結(jié)合,建立相應(yīng)的傳感器[5]。在上文中,我們提到了5種常見的食源性致病菌,接下來,編者將以這5種食源性致病菌為例,展開論述現(xiàn)有的CRISPR/Cas檢測系統(tǒng)的原理及進(jìn)展。


金黃色葡萄球菌和銅綠假單胞菌的雙重檢測


      Gootenberg[8]等基于重組酶聚合酶擴(kuò)增技術(shù) (Recombinase Polymerase Amplification, RPA)和CRISPR/Cas13建立了RPA-CRISPR/Cas-雙重?zé)晒鈾z測系統(tǒng)。通過多重RPA擴(kuò)增,再將擴(kuò)增產(chǎn)物轉(zhuǎn)錄得到RNA靶標(biāo),兩種不同的RNA靶標(biāo)分別與Cas13a/crRNA、Cas13b/crRNA結(jié)合并激活對應(yīng)Cas13蛋白的反式剪切活性。根據(jù)Cas13蛋白反式剪切探針的偏好性,采取Cas13a剪切poly U探針,Cas13b剪切poly A探針,兩種探針分別標(biāo)記不同的熒光基團(tuán),從而通過檢測兩種熒光信號強(qiáng)度的變化,實(shí)現(xiàn)對金黃色葡萄球菌和銅綠假單胞菌的同時檢測。


 RPA-CRISPR/Cas-雙重?zé)晒鈾z測系統(tǒng)對黃色葡萄球菌和銅綠假單胞菌的檢測

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